ゴミ屋敷という閉鎖的な空間は、微生物学的な観点から見ると、非常に特殊かつ危険な生態系を形成しています。そこには、通常の生活環境では考えられない密度の真菌（カビ）や細菌、そしてそれらが生成する二次代謝産物が充満しています。これらの微生物は、人体の免疫システムを巧妙に回避し、あるいは過剰に刺激することで、住人の健康を内部から破壊していきます。例えば、生ゴミや湿った衣類を基質として増殖するコウジカビ（アスペルギルス属）は、大量の胞子を放出し、吸い込んだ住人の気管支でバイオフィルムを形成することがあります。このバイオフィルムは免疫細胞の攻撃を寄せ付けない強固なバリアとなり、慢性的な炎症を引き起こします。免疫細胞はこれを排除しようと攻撃を続けますが、その過程で正常な肺組織までもが損傷を受け、肺機能が低下していきます。また、放置された食べ残しからは黄色ブドウ球菌やセレウス菌が爆発的に増殖し、それらが放出する毒素は皮膚や粘膜を通じて体内に侵入します。免疫システムはこれらの毒素を中和するために抗体を生成し続けますが、ゴミ屋敷という供給源がなくならない限り、この戦いに終わりはありません。さらに、湿った環境を好むカンジダ菌などの真菌は、免疫力が低下した住人の口腔内や皮膚で増殖し、さらなる二次感染を招きます。このように、ゴミ屋敷に潜む微生物たちは、住人の免疫システムを「常に全力で走らせ続ける」状態に追い込み、結果としてエンジンの焼き付き、つまり免疫不全に近い状態を引き起こすのです。最近の研究では、不衛生な環境での慢性的な炎症が、認知症や心血管疾患のリスクを高めることも示唆されています。部屋を片付け、徹底的に除菌を行うことは、これら有害な微生物との共生関係を強制的に断ち切ることを意味します。マイクロレベルでの脅威を取り除くことは、自分の細胞一つひとつを、これ以上の疲弊から救い出す唯一の方法なのです。